root のFrom Hostがlocalhostになっていないか

MySQLのrootのFrom Hostがlocalhostのままの場合、rootでリモートからMySQLにアクセスできません。rootのFrom Hostを接続元のホスト名にするか%(ワイルドカード)に変えます。

MySQL サーバーのファイアウォールでポート3306を開放し忘れていないか

Windows ファイアウォールやLinuxのファイアウォールでMySQLのポートが開放されている確認します。デフォルトの場合、MySQLのポート番号は3306になります。
Windows ファイアウォールでのポート解放はこちらの記事で紹介しています。